Správnosť používania európskych finančných príspevkov sa kontroluje na Európskej aj národnej úrovni. V rámci únie sa čerpaním eurofondov zaoberá Európsky dvor audítorov, ktorý robí audit príjmov a výdavkov EÚ a kontroluje orgány, ktoré narábajú s finančnými prostriedkami EÚ. Dvor tiež hlási Európskemu úradu pre boj proti podvodom podozrenie, že došlo k podvodu. Tento úrad potom vyšetruje podozrenia z podvodov a iných trestných činov, ktoré sa týkajú výdavkov Únie. Jednotlivé krajiny majú pre kontrolu správnosti využívania príspevkov ustanovené vlastné orgány.


Ak pri čerpaní eurofondov dôjde k určitým nezrovnalostiam či nedostatkom, môže ísť napríklad o podvod, tak môže byť uplatnená finančná korekcia. Pri finančnej korektúre eurofondov sú peniaze, ktorými prispela Európska únia na určitý projekt, vzaté späť.


Financie získava späť Európska komisia. V snahe zabezpečiť, aby finančné prostriedky Únie boli využité správnym spôsobom, môže Komisia využiť rôzne postupy, napríklad o pravidelné monitorovacie procedúry, overenie výdavkov a iné.


Pri finančných korekciách môže dôjsť u zrušeniu všetkých príspevkov, ktorými Únia prispela na nejakú oblasť, alebo ich časti.

Ku koncu minulého septembra boli korekcie čerpaní eurofondov na Slovensku v rámci 14 operačných programov za obdobie od roku 2007 do 2013 vo výške 451,38 milióna eur.

Najvyššia suma finančných opráv 225,6 milióna eur bola urobená v operačnom programe Doprava. Druhá najväčšia výška finančných korekcií bola uplatnená v prípade programu Výskum a vývoj, išlo o 71,5 milióna eur. V rámci programu Životné prostredie došlo ku korekciám vo výške takmer 46 miliónov eur. Výška finančných korekcií v programe Zdravotníctvo bola 27,9 miliónov eur. Najnižšia výška korekcií bola zaznamenaná v programe Rybné hospodárstvo, išlo o 28,95 tisíca eur.